為了得到可靠的檢測數據，適應不同的分析要求，同時具有填充柱和毛細管柱兩個進樣口。
氣相色譜質譜聯用儀GCMS具有柱頭進樣、玻璃內襯進樣、分流/不分流進樣器。可滿足不同口徑的毛細管、填充柱分析。進樣口具有*進樣導向器，各種口徑毛細管的玻璃內襯帶有特質彈簧，能自動找平衡定位。質譜儀的離子源、質量分析器和檢測器必須在高真空狀態下工作，以減少本底的干擾，避免發生不必要的分子－離子反應。質譜儀的高真空系統一般由機械泵和擴散泵或渦輪分子泵串聯組成。
機械泵作為前級泵將真空抽到10-1－10-2Pa，然后由擴散泵或渦輪分子泵將真空度降至質譜儀工作需要的真空度10-4－10-5Pa。雖然渦輪分子泵可在十幾分鐘內將真空度降至工作范圍，但一般仍然需要繼續平衡2小時左右，充分排除真空體系內存在的諸如水分、空氣等雜質以保證儀器工作正常。氣相色譜質譜聯用儀GCMS是指用氣體作為流動相的色譜法。由于樣品在氣相中傳遞速度快，因此樣品組分在流動相和固定相之間可以瞬間地達到平衡。
另外加上可選作固定相的物質很多，因此氣相色譜質譜聯用儀GCMS氣相色譜法是一個分析速度快和分離效率高的分離分析方法。近年來采用高靈敏選擇性檢測器，使得它又具有分析靈敏度高、應用范圍廣等優點。
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